נמלי החברה באשקלון ובאילת הינם ייחודיים מסוגם ביכולתם לקלוט מכליות גדולות שאינן יכולות לעגון בנמלי ישראל האחרים בשל מגבלות עומק לאורך חופי הים התיכון.
כמו כן, בשנת 2003, יזמה קצא"א את פרויקט "ההזרמה ההפוכה" ושודרג קו הצינור, כך שיאפשר הזרמת נפט בשני הכיוונים. יכולת ההזרמה של קצא"א, מהווה מערכת ייחודית מסוגה במתכונתה הדו-כיוונית, דבר המגדיל את נפח האחסון התפעולי ומאפשר העברת נפט גולמי גם מהים התיכון לאילת ומשם לשווקים באסיה ובכיוון ההפוך.