קצא"א מפעילה שלושה קווים נפרדים לנפט גולמי ואחד למוצרי דלק:
ראה מפת הקווים
1.קו "42 לנפט גולמי באורך של 254 ק"מ, המחבר את נמל אילת בים סוף עם נמל אשקלון בים התיכון. שלוש תחנות דחף שואבות את הנפט בתפוקה מקסימלית של 60 מיליון טון בשנה. שתי תחנות שאיבה חדשות שואבות את הנפט הגולמי בכיוון ההפוך, כלומר מהים התיכון לים סוף בתפוקה מקסימלית של 30 מיליון טון בשנה. פרויקט הזרמה הפוכה.
2.קו "16 / "18 לנפט גולמי באורך של 197 ק"מ מקשר את אשקלון עם בית הזיקוק בחיפה. שלוש תחנות שאיבה לאורך הקו מאפשרות תפוקה שנתית של 5.8 מיליון טון.
3.קו "16 / "18 לנפט גולמי באורך של 36 ק"מ מקשר בין אשקלון לבין בית הזיקוק באשדוד בתפוקה מקסימלית של 7 מיליון טון בשנה.
4.קו "16 למוצרי דלק מחבר בין אשקלון לאילת. הקו משרת העברת מוצרי דלק (בנזין, דס"ל וסולר) מהים התיכון לים סוף ולהיפך.
